Vystudoval sociologii a filosofii na FF UK v Praze. Do roku 1968 byl členem výboru ČSM, později členem komise ZV ROH pro socialistickou soutěž. Podle kádrových materiálů projevoval v pracovní a odborné oblasti angažovanost za realizaci politiky KSČ, byl ochotný a svědomitý, měl velmi dobrý vztah k lidem a v kolektivu byl oblíben. V letech 1972–1975 působil jako podnikový psycholog a sociolog v podniku Chemoprojekt, kde soutěžil o titul Brigády socialistické práce československo-sovětského přátelství.  V letech 1980–1982 absolvoval dvouleté studium stranického vzdělávání k otázkám světonázorové výchovy a v roce 1981 absolvoval v NDR nástavbový kurs pro instruktory sociálně psychologického výcviku. Státní bezpečnost jej vedla jako kandidáta tajné spolupráce (KTS) pod krycím jménem Kazatel. V roce 1984 získal atestaci z psychologie a působil jako psycholog na Institutu komunistického Ministerstva průmyslu.  Byl rovněž psychoterapeut pro drogově závislé na Protialkoholním oddělení Psychiatrické kliniky Fakultní nemocnice UK. Dne 17. června 1982 odmítl nabídku StB ke spolupráci a Halíkův svazek byl 6. prosince 1989 zásluhou Václava Havla zničen a zbylo z něj jen torzo. Přestože Tomáš Halík zdůrazňuje své disidentství, odmítl podepsat Chartu 77. 

Po listopadu 1989 se snažil získat co největší vliv na směřování české katolické církve. 

 Podle svědectví jemu tehdy blízkých osob neustále zkoumal, kdo co ví o jeho minulosti. O přímém zapojení do politického života proto okamžitě neuvažoval. Pro nové vedení církve byl totiž podezřelý ze spolupráce s StB, ale podobných podezření bylo všude kolem tolik, že mu v tomto ohledu nakonec v církevních kruzích nikdo příliš pozornosti nevěnoval. Vzal proto svou kariéru jinudy. Stal se generálním sekretářem České biskupské konference, spoluzakladatelem České křesťanské akademie (ČKA). Začal též vyučovat na Katolické teologické fakultě UK v Praze. Ovšem metodami typicky „halíkovskými“. Nevybíravým způsobem se pokoušel zdiskreditovat (jako psychicky nemocného)  konzervativně smýšlejícího děkana fakulty Václava Wolfa. Děkan Wolf totiž Halíkovým reformisticko-modernistickým snahám nepřál a stál mu v cestě. První pokus o Wolfovo sesazení se Halíkovi ještě nezdařil, druhý úder, vedený v jeho zastoupení kardinálem Vlkem, již ano. I když pana děkana odstranil, fakultu opustil a odešel i z pozice generálního sekretáře ČBK. To ovšem neznamená, že se  modernizačním fokolaristickým snahám o změnu katolické církve nevěnuje nadále.  Odstraněním pana děkana a zastrašením skutečně věřících  osobností za pomoci stejně cítícího modernizačního fokolaristy kardinála Vlka, který stál v čele pražského arcibiskupství, měl naopak uvolněnou cestu k šíření svých neomarxistických fokolaristických bludů o katolické církvi. A jak vyplyne z dalšího, velice se mu to vyplácí. Ceny, kterými ja za tuto činnost odměňován jsou vysoce placeny.

Je nositel Templetonovy ceny pro žijící osoby, které se zasloužily o přínos na poli „pokroku ve výzkumu a objevech týkajících se duchovních skutečností“. Templetonova cena je druhou nejvyšší finanční částkou pro jednotlivce udělovanou filantropickou organizací. V roce 2014 výše prémie činila 1 100 000 liber šterlinků – 1 libra cca 35,2 Kč., tj. 38,72 milionů Kč. Výše finanční odměny je uzpůsobena tak, aby v daném roce převyšovala částku pro jednotlivé kategorie Nobelovy ceny. Templeton kritizoval „duchovní nevšímavost“ Nobelových cen a chtěl tak ilustrovat přesvědčení, že nejdůležitějšího pokroku se nedosahuje čistou vědou, ale harmonií vědy a náboženství.

Není to tak dávno, co dostal Tomáš Halík další cenu, tentokrát za nejlepší teologickou knihu od jedné rakouské nadace, tvořené jeho názorovými souputníky, a odpovídal pro internetový magazín Christnet (22.8.2011) na otázku, jaký význam má tato cena pro něho. Mimo jiné tehdy pravil: „…Upřímně řečeno, věděl jsem, že nepíšu špatné knihy a že si pravděpodobně najdou hodně inteligentních čtenářů doma i v zahraničí… Nevede mne to k pýše: umění psát a přemýšlet je charisma, které je člověku dáno k službě druhým; darem se člověk nemůže pyšnit … Navíc pýchou člověk hloupne a já si ve svém povolání nemohu dovolit luxus sebespokojené hlouposti.“ 

Proto se připojujeme ke zvolání  magistra Kopala: NEVNUCUJTE NÁM HALÍKA!